Kościół ufundowany dla zakonników Franciszkanów przybyłych do Szczecina w XIII wieku. Budynki kościoła i klasztoru znajdowały się przy murach miejskich, dlatego fasada miała charakter obronny. W XVI wieku Franciszkanie opuścili Szczecin, a kościół został przejęty przez protestantów. W XIX wieku, w czasie wypraw Napoleona kościół przekształcono na magazyn, a później zamknięto ze względu na zły stan techniczny budowli. Po wojnie budynek wyremontowano. Jest jednym z najcennniejszych zabytków gotyckich Szczecina. We wnętrzu zachowały się zabytkowe płyty nagrobne z XIV i XVII wieku oraz fragmenty średniowiecznych polichromii.