Gmach wzniesiono na prawym brzegu Odry w dzielnicy Łasztownia. Od średniowiecza stanowiła ona zaplecze gospodarcze miasta. Znajdowały się tam spichlerze i stocznie a od XVIII wieku także urząd fiskalny. Na jego miejscu na początku XX wieku wzniesiono obecny budynek urzędu. W reprezentacyjnym gmachu nad Odrą mieściły się dwa urzędy celne: dla ruchu krajowego i zagranicznego oraz mieszkania dla urzędników. Po wojnie w obiekcie ponownie zagościli celnicy i do dziś budynek pełni swoje pierwotne funkcje.